Для выбора версии интерпретатора Python, в которой будет выполнен скрипт в Notepad++, можно использовать Python Launcher For Windows.
Для этого в плагине NppExec создадим скрипт

NPP_SAVE
cd "$(FULL_CURRENT_PATH)"
C:\Windows\py.exe "$(FULL_CURRENT_PATH)"

Теперь в начале скриптов указываем версию интерпретатора питон, которую необходимо использовать.

#!/usr/bin/env python2

#!/usr/bin/env python3